Die deutsche Bioethanlowirtschaft weist diese Kritik jedoch zurück. In den EU-Vorschriften für die Landwirtschaft sei ein Verbot der Umwandlung von Waldflächen in Ackerland festgelegt und die Rodung von Wäldern zum Anbau von Energiepflanzen, wie sie auch in Brasilien geschieht, in der EU daher ausgeschlossen.
Als Rohstoffe für die Herstellung von Bioethanol eignen sich stärke-, zucker- sowie cellulosehaltige Pflanzen. Am effizientesten sind stark zucker- und stärkehaltige Pflanzen wie Zuckerrüben, Roggen, Weizen, Kartoffeln und Mais. Letzterer spielt vor allem in den USA und in Europa eine große Rolle.

Kritisiert wird neben der Gefahr der Waldrodung im Zusammenhang mit Bioethanol auch der hohe Wasserverbrauch der Energiepflanzen und die Konkurrenz mit Nahrungspflanzen.